V Sloveniji smo prvi dokazali proti meticilinu odporno bakterijo Staphylococcus aureus (MRSA) z novo različico gena mecA, genom mecC. Bakterijo s to obliko odpornosti je v laboratoriju težje dokazati, ker ima nizke MIKe za oksacilin/cefoksitin. Naknadno je bilo pregledanih 395 izolatov MRSA domačega okolja (CA-MRSA) iz zbirke. Prvi sev z mecC je izviral iz leta 2007, prvi pa je bil prepoznan sev iz leta 2013. Dokazan je bil skupno pri 7 izolatih (CA-MRSA) pri zdravih in pri bolnikih z okužbo kože in podkožja. Večinoma so jih dokazali pri ljudeh, ki imajo stik z živalmi, čeprav se razlikujejo od klonskega kompleksa CC398. Mi stika z živalmi nismo dokazali, smo jo pa dokazali predvsem v severovzhodni Sloveniji. Molekularno smo opredelili značilnosti (sekvenčni tip, gensko kaseto, prisotnost toksinov) te bakterije. Spadala je v ST 130, znotraj tega v 3 tipe spa, ima SCCmec tip XI. Zaradi nizkih MIKov za oksacilin/cefoksitin in odsotnosti gena mecA je te seve težko prepoznati. Potrebno jim je določiti mecC.
COBISS.SI-ID: 3854714
Dinamika razvoja imunskega sistema s starostjo spreminjajočih lastnosti imunskega odzivanja. V študiji smo analizirali limfocitne populacije v venski krvi 60 prostovoljcev, ki smo jih razdelili na skupino otrok, adolescentov in odraslih. Ugotavljali smo deleže in koncentracije efektorskih celic T (T eff), regulatornih limfocitov T (T reg) in starostne razlike glede STAT1/STAT5 signaliziranja celic T pomagalk. Naši rezultati kažejo zmanjšan delež Treg in povečan delež Teff z leti, kar privede do velikega povečanja razmerja Teff/Treg v odvisnosti od starosti. Povečanje Teff je najbolj izrazito pri subpopulacijah Th1, Th1Th17, in Th17CD161. Pomembne razlike v ekspresiji STAT1 smo našli med otroci in adolescent, pri katerih je upadel delež aktiviranih Treg. Povečana ekspresija STAT1 je bila izrazitejša pri FoxP3hi kot pri FoxP3low populaciji limfocitov Th. Pomembno večjo indukcijo STAT5 z IL-2 inducirano fosforilacijo smo našli pri odraslih preiskovancih. Naša študija kaže značilne, od starosti odvisne razlike v deležu regulatornih in efektoskih limfocitov T in njihovih subpopulacij pri zdravih preiskovancih in starostne razlike glede STAT1/STAT5 signaliziranja celic T pomagalk in povečanje Teff pri subpopulacijah Th1, Th1Th17, in Th17CD161. To je lahko temelj za nova spoznanja pri razumevanju pojavov staranja imunskega odziva.
COBISS.SI-ID: 32347353
Epidemija okužb s človeškim virusom imunske pomanjkljivosti 1 (HIV-1) v Sloveniji je idealen model za raziskave prenosa virusa. Za slovensko epidemijo je značilno, da je največ okuženih v skupnosti moških, ki imajo spolne odnose z moškimi, najpogostejše (89% vseh bolnikov) so okužbe s HIV-1 podtipa B, prevalenca okužb je nizka (manj kot 1/1000 prebivalcev), vendar počasi narašča. V raziskavo, s katero smo želeli podrobneje analizirati evolucijo virusa HIV-1 v Sloveniji in opredeliti pomembne dejavnike za prenos virusa, smo vključili 223 delnih nukleotidnih zaporedij regije pol, pridobljenih iz vzorcev odvzetih nezdravljenim osebam s HIV okužbo med leti 2000 in 2012. Odkrili smo osem velikih filogenetskih skupin z vsaj desetimi osebami, eno filogenetsko skupino s štirimi osebami, dve skupini s tremi osebami in 12 filogenetskih parov. Med vključenimi osebami je bilo le 19% takih, ki so bile brez odkrite filogenetske povezave znotraj Slovenije, kar pomeni, da se je večina slovenskih HIV-pozitivnih oseb okužila v Sloveniji. Osebam vključenim v velike filogenetske skupine smo statistično značilno manj pogosto postavili diagnozo pred letom 2005 (P=0,0388), večina se jih je najverjetneje okužila v Sloveniji (P(0,0001); v tej skupini okuženih oseb smo tudi manj pogosto dokazali mutacije povezane s primarno odpornostjo virusa HIV proti protiretrovirusnim zdravilom (P=0,0431). Na podlagi sorodnih zaporedij iz genske banke smo potrdili več vnosov HIV-1 v Slovenijo (iz ZDA, Francije, Belgije, Kanade in Nemčije). Najverjetnejši začetek lokalne epidemije okužb s HIV-1 v Sloveniji je leto 1986. V naši raziskavi smo odkrili tudi hitrejšo mutacijsko stopnjo slovenskih filogenetskih skupin, ki nakazuje na počasnejšo epidemijo pri nas v primerjavi z epidemijami v drugih državah. Hitrejša mutacijska stopnja slovenskih sevov nakazuje na relativno majhno število prenosov in počasi rastočo epidemijo ter dokazuje, da so gonilo slovenske epidemije s HIV-1 predvsem posamezniki v poznejših fazah okužbe.
COBISS.SI-ID: 31957465
V raziskavi smo osamili in podrobneje označili ortoreovirusni sev s prerazporejenim gneomom, ki smo ga dokazali pri netopirski vrsti mali podkovnjak (Rhinolophus hipposideros). Virusni sev BatMRV1-IT2011 smo prvič dokazali z elektronskim mikroskopom, ga potrdili z molekularno metodo in virus-nevtralizacijskim testom. Nukleotidno zaporedje celotnega genoma smo pridobili z metodo sekvenciranja naslednje generacije. Z molekularnimi metodami in antigensko označitvijo smo dokazali, da opisani sev spada v skupino ortoreovirusov serotipa 1, kar pri netopirjih še ni bilo opisano. Prerazporejen genom smo potrdili s filogenetskimi raziskavami in programom ugotavljanja rekombinacij. Po pridobljenih podatkih smo ugotovili, da ima opisani sev genomski odsek S1 podoben ortoreovirusoma MRV T1/bovine/Maryland/Clone23/59 in C/bovine/ Indiana/MRV00304/2014, ostali genomski odseki pa kažejo večjo podobnost sevom opisanih pri drugih živalskih vrstah. Pri psih, konjih, govedu in prašičih smo dokazali tudi nevtralizirajoča protitelesa proti tipskim serotipom 1-3 kot tudi proti sevu BatMRV1-IT2011, kar nakazuje na pogoste okužbe z ortoreovirusi, vključno s sevi, ki izražajo podobne antigenske značilnosti kot naš netopirski sev BatMRV1-IT2011.
COBISS.SI-ID: 32291033
Opisali smo prvi smrtni primer okužbe s človeškim bokavirusom 1 pri 18-mesečnem dečku, ekstremnem nedonošenčku, rojenem v 25 gestacijskem tednu, z bronhopulmonalno displazijo. Ob sprejemu v bolnišnico je bil otrok afebrilen, dehidriran, pri dihanju pa je uporabljal pomožno muskulaturo. Stanje se je otroku po sprejemu slabšalo in drugi dan po sprejemu je prišlo do pojava pljučnega edema. Kljub 100% podpori s kisikom, saturacije ni bilo moč vzdrževati nad 90% zato bil deček premeščen na oddelek za intenzivno zdravljenje. Tri dni po pojavu simptomov in znakov okužbe dihal, je prišlo do obojestranskega pnevmotoraksa, čemur je sledil srčni zastoj. Človeški bokavirus 1 je bil edini virus dokaza v nosnem delu žrela in krvi. Prav tako je bil Človeški bokavirus 1 dokazan v aspiratu traheje. Virione človeškega bokavirusa 1 smo lahko opazovali pod elektronskim mikroskopom in z imunkoelektronsko mikroskopijo dokazali prisotnost bolnikovih protiteles proti človeškemu bokavirusu 1 v krvi dečka.
COBISS.SI-ID: 31526873