Računsko načrtovanje dinamičnih sistemov je pomembna naloga v sintezni biologiji, ki pridobiva na pomenu. Cilj je sestaviti in-silico model sistema, čigar simulacija zadošča vnaprej določenim lastnostim. V članku predstavimo novo procesno metodologijo za reševanje opisane naloge. Metodologija združuje fleksibilne procesne formalizme za določanje prostora kandidatov s pristopi večkriterijske optimizacije za izbiro najprimernejšega med njimi. Pokažemo, da je predlagana metodologija dovolj splošna, da lahko z njo opišemo in rešimo naloge načrtovanja determinističnih in stohastičnih sistemov. Rezultati zajemajo tako modele, že opisane v preteklih študijah, kot tudi nove modele, ki prav tako zadoščajo danim pogojem, vendar še niso bili obravnavani.
COBISS.SI-ID: 29806119
Razvili smo generično ontologijo (imenovano OntoDT) za predstavitev znanja o podatkovnih tipih. Ontologija OntoDT definira osnovne entitete, kot so podatkovni tip, lastnosti podatkovnih tipov, značilne operacije nad podatkovnimi tipi ter taksonomija podatkovnih tipov. Pokazali smo tudi več primerov uporabe razvite ontologije. Ontologija OntoDT je bila uporabljena pri razvoju ontologije osnovnih entitet podatkovnega rudarjenja za opisovanje taksonomij podatkovnih množic, nalog, modelov in algoritmov. Pokazali smo tudi, kako se ontologija lahko uporabi za označevanje in povpraševanje skladišč podatkovnih množic ter kako lahko ontologija izboljša predstavitev osnovnih bioinformatičnih podatkovnih tipov iz formata BioXSD.
COBISS.SI-ID: 28796199
Razvili smo novo tehniko relacijskega rudarjenja podatkov, imenovano besedizacija (angl. Wordification), ki izvede prevedbo relacijskih podatkov v množico tekstovnih dokumentov (tekstovni korpus). Vhod v sistem je relacijska podatkovna baza, rezultat prevedbe pa je propozicionalna tabela, ki služi kot vhod standardnim tehnikam za podatkovno rudarjenje. Razlika med novo metodologijo in obstoječimi metodami je, da z uporabo besedizacije kreiramo enostavne opisne značilke (preproste “besede” in “pare besed” oz. bigrame), ki omogočajo boljše razumevanje in lažji vpogled v podatke. Eksperimentalna analiza na sedmih relacijskih podatkovnih bazah je pokazala, da ima v primerjavi z obstoječimi algoritmi novi pristop primerljivo klasifikacijsko točnost, hkrati pa je računsko mnogo učinkovitejši. Novo metodo in celotni postopek evalvacije smo razvili kot integriran procesni delotok v naši novi spletni platformi za podatkovno rudarjenje ClowdFlows, kar omogoča ponovljivost in primerjalno analizo razvite tehnike z obstoječimi algoritmi propozicionalizacije. Ta pristop prispeva enostavni ponovljivosti eksperimentalnih rezultatov in s tem k odprti znanosti. Razviti delotok je prosto dostopen na spletnem naslovu http://clowdflows.org/workflow/4018/.
COBISS.SI-ID: 28609575
Izdelali smo prvi leksikon in zemljevid emojijev z njihovim entimentom (negativen, nevtralen ali pozitiven) za 751 najpogosteje uporabljenih emojijev. Sentiment emojijev je izračunan iz sentimenta tvitov v katerih so emojiji uporabljeni. Za označitev sentimenta v več kot 1.6 milijona tvitov v 13 evropskih jezikih smo angažirali 83 označevalcev. Izkaže se, da je večina emojijev pozitivnih, se posebej najbolj popularni. Porazdelitev sentimenta v tvitih z emojiji je značilno različna od tvitov brez njih. Strinjanje med označevalci je višje pri tvitih, ki uporabljajo emojije. Le-ti se praviloma pojavljajo proti koncu tvitov, njihova polarnost pa se povečuje z oddaljenostjo od začetka tvita. Med 13 evropskimi jeziki ni zaznati značilnih razlik v rangiranju emojijev.
COBISS.SI-ID: 29085223
Prispevek obravnava interdisciplinarnost znanstvenih področji na osnovi grafa sodelovanj med raziskovalci. Predlaga novo mero interdisciplinarnosti, ki upošteva vsebino in strukturo grafa. Podobnost med področji znanosti je ocenjena glede na podobnosti opisov področji. Predlagano mero smo uporabili na primeru raziskovalne skupnosti v Sloveniji. Ugotovili smo, da so biotehnične vede in naravoslovno-matematične vede najbolj interdisciplinarne. Pri opazovanju razvoja interdisciplinarnosti skozi čas opazimo v zadnjem desetletju porast pri medicinskih vedah predvsem zaradi sodelovanje naravoslovno-matematičnimi in tehničnimi vedami.
COBISS.SI-ID: 28426791