J3-6785 — Zaključno poročilo
1.
Optimizacija aplikacij sekvenciranja naslednje generacije na aparatu Illumina MiSeq

Rezultati projekta so omogočili ustanovitev centra Vodja projekta je Ustanovitelj in predstojnik »Infrastrukturnega centra za analizo genoma in personalizirano medicino«, v okviru IP‐0029 Infrastrukturnega programa Univerze v Mariboru, sklop CORE@UM. Center izvaja: 1. genetsko diagnostiko in raziskave&razvoj ter klinično implementacijo novih diagnostičnih postopkov za UKC MB in UKC LJ ter ostale nacionalne inštitucije povezane z zdravjem, npr. Nacionalni inštitt za javno zdravje Maribor; izbrani R&R projekti:•IRP2016/01 »Razvoj novih protokolov sekvenciranja naslednje generacije za diagnosticiranje monogenskih (Mendlovih) sindromov«, Oddelek za pediatrijo UKC Maribor, •IRP‐2014/01‐30 »Ugotavljanje prisotnosti monogenskih mutacij in DNA polimorfizmov povezanih s povečanim tveganjem za razvoj Parkinsonove bolezni populaciji slovenskih bolnikov; 2. Raziskovalni&razvojni projeti za industrijo: •Kemomed d.o.o. »Optimizacija aplikacij sekvenciranja naslednje generacije na aparatu Illumina MiSeq; •Biosistemika d.o.o., »Aplikacija platforme GENEIO za avtomatizacija laboratorijskih procesov genetskega testiranja; •EVG molekularna diagnostika d.o.o. »Diagnosticiranje genetskih bolezni pri človeku in živalskih modelih« itd..

F.17 Prenos obstoječih tehnologij, znanj, metod in postopkov v prakso

COBISS.SI-ID: 512488248
2.
Genetika in farmakogenomika kroničnih imunskih bolezni

Diseminacija najnovejših odkritij zdravnikom v klinični praksi in drugi strokovni javnosti: 1. Kot plenarni vabljeni predavatelj na mednarodni znanstveni konferenci ESPCR European Society for Paediatric Clinical Research, 23rd Meeting, 20 June 2014, sem predstavil pregled genetike in farmakogenomike kroničnih imunskih bolezni s poudarkom na kroničnivnetni črevesni bolezni in prenosu znanstvenih odkritij v klinično prakso. 2. "Genetika in farmakogenetika kronične vnetne črevesne bolezni" Kot vabljeni predavanji sem na mednarodni znanstveni konferenci 45. Memorialni sestanek profesorja Janeza Plecnika z mednarodnim simpozijem kronicno vnetna črevesna bolezen 4. 12.5.12. 2014,Ljubljana, sem predstavil pregled genetike in farmakogenomike kronično vnetne črevesni bolezni in prenosu znanstvenih odkritij v klinično prakso. COBISS ID: 512463928

B.04 Vabljeno predavanje

COBISS.SI-ID: 512411192
3.
Asociacijska študija v celotnem genomu in ekspresijske študije anti-TNF terapije pri kroničnih imunskih boleznih in farmakogenomika Crohnove bolezni

Kot uvodni predavatelj na mednarodni znanstveni konferenci "Genetika2015" sem predstavil rezultate naše prospektivne farmakogenomske študije v celotnem genomu (ang GWA) pri slovenskih bolnikih s Crohnovo boleznijo, kjer smo integrirali genotipe pridobljene z Imunochipom, obsežne klinične podatke (34 parametrov), biokemijske parameter (24 parametrov) in rezultate meritve genske ekspresje, ki smo jih pridobili pred začetkom zdravljenja z zdravilom adalimumab in po zdravljenju (tedni 0, 4, 12, 20, 30), z namenom, da odkrijemo biooznačevalce povezane z odzivom na zdravilo adalimumab. Rezultati študije bodo omogočili vpogled v molekularno biološke poti pomembne za razvoj in potek bolezni ter nastanek odpornosti na anti-TNF zdravljenje. Razvili smo napovedne modele, ki lahko predvidijo odzivnike in neodzivnike na terapijo z 76% natančnostjo.

B.04 Vabljeno predavanje

COBISS.SI-ID: 512548152
4.
Monografija o luskavici

Člana projektne skupine Uroš Potočnik in Matjaž Deželak sva bila soavtorja knjige "Monografija o luskavci", kjer smo s soavtorji predstavili kronično avtoimunsko bolezen luskavico z večih aspektov. U. Potočnik in M. Deeželak sva prispevala pogavje z naslovom "Luskavica: genetika" kjer sva naredila pregled glavnih študij, ki so odkrile genetski dejavnik tveganja za luskavico.

B.06 Drugo

COBISS.SI-ID: 83746817
5.
Algoritmi strojnega učenja na osnovi genotipskih podatkov za napoved podskupine refraktornih Crohnovih bolnikov, ki zahtevajo zdravljenje z biološkimi zdravili

Razvili smo algoritem, ki lahko z metodo strojnega učenja na osnovi genotipskih podatkov, lahko pove podskupino Crohnovih bolnikov, ki bo razvla refraktorno obliko, neodzivno na standardno zdravljenje. Ti bolniki bi bili lahko v zgodnejši fazi vključeni v zdravljenje z biološkimi zdravili

B.03 Referat na mednarodni znanstveni konferenci

COBISS.SI-ID: 512526904