L4-5525 — Letno poročilo 2014
1.
Kvantitativna analiza fitoplazme "flavescence doree" s kapljično digitalno PCR

Izvedli smo prvo absolutno kvantifikacijo fitoplazme "flavescence doree" (FD) s pomočjo kapljične digitalne PCR. FD povzroča na vinski trti karantensko bolezen trsne rumenice. Pokazali smo uporabnost testa za kvantifikacijo in kontrolo kvalitete referenčnega materiala, ki se navadno uporablja v diagnostičnih in metroloških laboratorijih. To novo metodo bomo lahko v prihodnosti uporabili za nadzor kinetike fitoplazem, spremljanje sprememb titra fitoplazme skozi sezono in iskanje odpornih rastlin.

COBISS.SI-ID: 3174991
2.
Popolno zaporedje genoma novega divergentnega izolata virusa X krompirja in razlikovanje med različki v mešani okužbi z uporabo sekvenciranja malih RNA

Virus X krompirja je eden izmed najbolj razširjenih virusov krompirja. Kljub temu vemo le malo o njegovi raznolikosti v najverjetnejšem centru izvora tega virusa, Andski regiji Južne Amerike. Da bi njegovo raznolikost bolj spoznali smo s pomočjo sekvenciranja malih RNA (Illumina NGS) pridobili popolna oziroma skoraj popolna zaporedja genomov tega virusa iz okuženih vzorcev rastlin iz Peruja. Med njimi smo pridobili tudi popolno zaporedje novega, različka virusa X krompirja, ki se od ostalih različkov precej razlikuje. V enem od vzorcev smo zaznali tudi mešano okužbo dveh različkov virusa. S tem smo potrdili uporavnos sekvenciranja malih RNA za iskanje novih različkov virusov in hkrati prvič pokazali, da lahko to metodo uporabimo tudi za razlikovanje podobnih različkov istega virusa v mešani okužbi. Odkritje novega različka v tej regiji nakazuje na veliko raznolikost tega virusa v Andski regiji Južne Amerike, podoben vzorec pa lahko pričakujemo tudi pri drugih škodljivcih na krompirju.

COBISS.SI-ID: 3188559
3.
Prva najdba virusa packavosti listov maline v malini v Bolgariji

Na plantaži malin v južni Bolgariji so bili opaženi hudi bolezenski simptomi v obliki klorotične lisavosti in rumenenja. V nabranih vzorcih smo zaznali virus packavosti listov maline. To predstavlja, po naših informacijah, prvo najdbo tega virusa v Bolgariji.

COBISS.SI-ID: 4516456