Lokalna ekstremna okolja so močno orodje za raziskave počasnih ekoloških in evolucijskih procesov, v veliki meri zato, ker omogočajo dolgoročen vpogled v adaptacijo naravnih združb in njihovih ekoloških mrež na to okolje. Tovrstni sistemi omogočajo konceptualno kompresijo dveh dimenzij, časovne in prostorske, s tem pa omogočajo raziskovanje pomembnih vprašanj v realni časovno-prostorski skali. V poglavju smo predstavili primer tovrstnih raziskav na mofetah ali naravnih izvirih CO2, mestih s konstantnim izhajanjem geogenega plina in posledično talno hipoksijo. Predstavili smo originalne rezultate in pregled širokega nabora študij teh ekstremnih ekosistemov, ki zajemajo potencial za naravne analogne ekosisteme za presojo vplivov na okolje v primeru puščanja plina iz podzemnih sistemov za skladiščenje viškov CO2, potencialnih modelnih ekosistemov za raziskovanje klimatskih sprememb, raziskav na področju rastlinske ekofiziologije ter ekologije različnih skupin organizmov v celotnem rangu, od mikro- do makroorganizmov. Članek tudi kaže potencialno smer, v kateri se bodo v prihodnosti razvijale najpomembnejše raziskave v uporabi diskretnih ekstremnih okolij z dolgoročnimi, konstantnimi selekcijskimi pritiski, tudi v kontekstu klimatskih sprememb.
COBISS.SI-ID: 8491129
Vpliv abiotskih dejavnikov okolja na biodiverziteto ter sestavo združb številnih funkcionalno pomembnih skupin mikroorganizmov je v različnih kopenskih ekosistemih še vedno slabo raziskano področje. V članku je predstavljena molekularna karakterizacija arhejskih in bakterijskih združb, izpostavljenih dolgoročnim spremembam abiotskih dejavnikov v tleh na območjih naravnih izvirov CO2 ali mofet. Rezultati kažejo na velike spremembe v sestavi združb obeh raziskovanih skupin mikroorganizmov v smeri večjega števila anaerobnih in metanogenih taksonov, ki dominirajo v hipoksičnih tleh. Z geološkim plinom inducirana hipoksija lahko na območjih mofet povzroči velike spremembe v sestavi združb talnih mikrobov, te pa lahko močno vplivajo na delovanje ekosistemov (npr. kroženje hranil in metanogenezo). Povzemamo, da so mofete lahko dobri modelni ekosistemi za raziskovanje odziva naravnih mikrobnih združb na dolgoročne okoljske spremembe.
COBISS.SI-ID: 7763321
Tla so omejen naravni vir, ki je pogosto onesnažen s polutanti. V zadnjem času so razvili več remediacijskih postopkov, vključno s pranjem tal z EDTA (ethylene-diamine-tetraacetic acid), ki ima visoko učinkovitost odstranjevanja onesnažil iz tal. O tem, kako ta postopek vpliva na talne mikrobe, je malo podatkov, vključno s podatki o arbuskularnih mikoriznih (AM) glivah. V članku predstavljamo podatke o mikoriznem potencialu tal po remediaciji, kot tudi o molekularni karakterizaciji diverzitete arbuskularnih mikoriznih gliv v tleh, ki so dolgoročno onesnažene s težkimi kovinami (dolgoročen stres) pred in po remediaciji in pred in po inokulaciji s komercialnim in avtohtonim inokulumom z AM glivami z uporabo 18S rRNK klonskih knjižnic. Po remediaciji je bil mikorizni potencial tal zelo majhen. Vzpostavljena je bila funkcionalna mikoriza, tako ob uporabi komercialnega kot tudi avtohtonega inokuluma. S tem smo uspešno revitalizirali remediirana tla po postopku remediacije. Uporaba lokalnega (avtohtonega) inokuluma je rezultirala v večji diverziteti mikoriznih gliv v koreninah rastlin, ki so rastle v remediiranih tleh, v primerjavi z uporabo komercialnega inokuluma.
COBISS.SI-ID: 8445305
V preglednem članku so predstavljene raziskave s področja mikrobne ekologije, ki opisujejo vplive sprememenjenih koncentracij talnih plinov na združbe arbuskularnih mikoriznih gliv, arhej in bakterij. Skupaj s hitrim razvojem novih molekulskih pristopov, predvsem novih generacij visokozmogljivega paralelnega sekvenciranja, ki poganjajo področje molekularne ekologije, mofete omogočajo raziskovanje vpliva abiotskih dejavnikov okolja na biodiverziteto in strukturo združb teh funkcionalno pomembnih skupin talnih mikrobov.
COBISS.SI-ID: 7770745
Taksonomska identifikacija organizmov se je tradicionalno zanašala na morfološke karakteristike. V zadnjih dveh desetletjih beležimo porast uporabe molekularnih orodij, ki bazirajo na analizi DNK kratkih standardiziranih fragmentov genov, ki jih imenujemo črtne kode DNK za ločevanje vrst organizmov. Pri živalih je najpogosteje uporabljen fragment DNK del mitohondrijskega gena za citokrom c oksidazo (COI). Pri rastlinah temu služita dva kloroplastna genska fragmenta za veliko podenoto encima RuBisCo (rbcL) ter genov za maturazo K (matK). Informacije, ki jih pridobimo z uporabo črtnih kod lahko uporabljamo tudi širše in so uporabne na številnih področjih biologije, vključno z ekologijo (prehranske mreže), varstveno biologijo (monitoring zavarovanih vrst) in na drugih področjih. Pomembno pa je, da razumemo tudi omejitve, povezane z uporabo črtnih kod in, da se pri raziskavah upošteva razvoj metod te mlade vede.
COBISS.SI-ID: 1536021700