Imel sem vabljeno predavanje na konferenci "VII Joint Meeting on Medicinal Chemistry" (vabilo v prilogi). Predstavil sem ProBiS, program, ki je prosto dostopen na naslovu http://probis.cmm.ki.si, in se uporablja za napovedovanje vezavnih mest na proteinih.
B.04 Vabljeno predavanje
COBISS.SI-ID: 4717082Pod mojim somentorstvom je nastalo diplomsko delo na Fakulteti za računalništvo in informatiko. Diplomsko delo temelji na algoritmu ProBiS, katerega namen je računanje strukturnih podobnosti proteinov. Taki postopki so v splošnem dolgotrajni, zato je bil glavni cilj dela vnaprejšnje računanje vseh primerjav proteinov in shranjevanje rezultatov v podatkovno bazo. Diplomska naloga se začne z opisom algoritma ProBiS in predstavitvijo spletne strani, preko katere deluje. Osrednji del se osredotoča na načrtovanje in izvedbo porazdeljevanja računanja, ter izgradnjo podatkovne baze in njeno nadaljno optimizacijo s postopkom denormalizacije. Sledi opis izdelave uporabniškega vmesnika za iskanje po podatkih in primer njegove uporabe. V zaključku je implementirana rešitev ovrednotena, podanih pa je še nekaj dodatnih možnosti za izboljšanje sistema. Razvita podatkovna baza ProBiS je nova rešitev na področju strukturne primerjave proteinov in v veliki meri izboljša uporabniško izkušnjo spletnega strežnika ProBiS.
D.10 Pedagoško delo
COBISS.SI-ID: 8691028Naša novo razvita orodja za napovedovanje proteinskih vezavnih mest, združena v spletnem strežniku ProBiS (http://probis.cmm.ki.si), uporabljamo v študiji z naslovom "Modeliranje biofarmacevtskih molekul", ki jo izvajamo za Lek farmacevtsko družbo d.d.
F.17 Prenos obstoječih tehnologij, znanj, metod in postopkov v prakso