1.

Sodelovanje z Lek farmacevtsko družbo d.d.

Naša novo razvita orodja za napovedovanje proteinskih vezavnih mest, združena v spletnem strežniku ProBiS (http://probis.cmm.ki.si), smo uporabili v študiji z naslovom "Modeliranje biofarmacevtskih molekul", ki smo jo izvedli za Lek farmacevtsko družbo d.d.

F.17 Prenos obstoječih tehnologij, znanj, metod in postopkov v prakso

2.

Izgradnja podatkovne baze strukturnih podobnosti proteinov

Diplomsko delo temelji na algoritmu ProBiS, katerega namen je računanje strukturnih podobnosti proteinov. Taki postopki so v splošnem dolgotrajni, zato je bil glavni cilj dela vnaprejšnje računanje vseh primerjav proteinov in shranjevanje rezultatov v podatkovno bazo. Diplomska naloga se začne z opisom algoritma ProBiS in predstavitvijo spletne strani, preko katere deluje. Osrednji del se osredotoča na načrtovanje in izvedbo porazdeljevanja računanja, ter izgradnjo podatkovne baze in njeno nadaljno optimizacijo s postopkom denormalizacije. Sledi opis izdelave uporabniškega vmesnika za iskanje po podatkih in primer njegove uporabe. V zaključku je implementirana rešitev ovrednotena, podanih pa je še nekaj dodatnih možnosti za izboljšanje sistema. Razvita podatkovna baza ProBiS je nova rešitev na področju strukturne primerjave proteinov in v veliki meri izboljša uporabniško izkušnjo spletnega strežnika ProBiS.

D.10 Pedagoško delo

COBISS.SI-ID: 8691028

3.

Z računalnikom do vpogleda v evolucijo proteinskih vezavnih mest

Predstavili smo računalniško metodo za lokalno primerjavo proteinskih struktur in njeno uporabo za odkrivanje vezavnih mest na proteinih.

D.10 Pedagoško delo

COBISS.SI-ID: 4505626

4.

ProBiS : spletno orodje za iskanje proteinskih vezavnih mest

Imel sem vabljeno predavanje na konferenci "VII Joint Meeting on Medicinal Chemistry" (vabilo v prilogi). Predstavil sem ProBiS, program, ki je prosto dostopen na naslovu http://probis.cmm.ki.si, in se uporablja za napovedovanje vezavnih mest na proteinih.

B.04 Vabljeno predavanje

COBISS.SI-ID: 4717082

5.

ProBiS: Spletni strežnik za odkrivanje strukturno podobnih proteinskih vezavnih mest

V predavanju sem predstavil naš novo razviti spletni strežnik ProBiS, dostopen na naslovu http://probis.cmm.ki.si, za napovedovanje vezavnih mest na proteinih in naš algoritem za lokalno primerjavo proteinskih struktur. Podal sem primere uporabe spletnega strežnika za napovedovanje vezavnih mest za proteine, nukleinske kisline in male molekule.

B.03 Referat na mednarodni znanstveni konferenci

COBISS.SI-ID: 4440346