1.

Problemi statistične fizike v računalniških simulacijah s prilagodljivo resolucijo kompleksnih tekočin

Simuliranje kompleksnih tekočin oziroma v splošnem kompleksnih molekularnih sistemov zahteva modelske pristope, ki pokrivajo širok razpon časovnih in krajevnih skal. Tega ponavadi ne moremo doseči z enim simulacijskim modelom. Preko let so razvili vrsto različnih metod in modelov od dokaj splošnih modelov, ki predvsem opišejo splošne statistične lastnosti npr. polimerov, do vseatomskih modelov ali celo kvantnih pristopov. Medtem ko le-ti dovoljujejo vrsto pomembnih znanstvenih študij, samo kombinacija oziroma bližnja povezava med pristopi na različnih velikostnih skalah dovoljuje resnično kvantitativen opis materialov in procesov. V tem prispevku obravnavamo metodo adaptivne resolucije, v kateri različne krajevne skala obravnavamo v isti simulaciji, pri čemer molekule prosto prehajajo med različnimi domenami, v katerih interagirajo z različnimi interakcijskimi potenciali.

COBISS.SI-ID: 4764186

2.

Sklopitev različnih stopenj resolucije v molekularnih simulacijah

Vpeljali razširitev metode AdResS, ki omogoča spremembo krajevne resolucije med samim potekom molekulske dinamike. Razširitev, ki je osnovana na termodinamskih argumentih, omogoča termodinamsko ravnovesje med molekulami različnih reprezentacij. Robustnost algoritma smo testirali na dveh primerih, t.j., tekočini tetraedričnih molekul in binarni zmesi tetraedričnih in sfericnih molekul.

COBISS.SI-ID: 4379162

3.

ENZO: mrežno orodje za izpeljavo in izračun kinetičnih modelov za encimske katalitske reakcije

Opisali smo mrežno orodje ENZO, t.j. grafični vmesnik za izgradnjo kinetičnih modelov encimskih katalitskih reakcij. ENZO avtomatično generira pripadajoče diferencialne enacbe iz encimske reakcijske sheme. Te diferencialne enačbe numerično rešimo in neznane koeficiente določimo s prileganjem k eksperimentalnim podatkom. ENZO dovoljuje hitro ovrednotenje in primerjavo različnih reakcijskih shem. Zato ga lahko uporabljamo za rutinske teste v encimski kinematiki. Prosto dostopen je na http://enzo.cmm.ki.si.

COBISS.SI-ID: 4728090

4.

Sklopitev atomistične in kontinuumske hidrodinamike preko mezoskopskega modela: Uporaba na tekoči vodi

Izvedli smo triskalno simulacijo tekoče vode, kjer smo istocasno sklopili atomstične, mezoskopske in kontinuumske modele tekočine. Triskalna hidrodinamska metoda za molekularne tekočine omogoča vstavljanje velikih molekul v atomistično domeno preko mezoskopske regije. Nas večskalni pristop je namenjen simulaciji molekulske dinamike odprtih sistemov z relativno velikimi molekulami v bodisi velekanoničnem ansamblu ali pod neravnovesnimi pogoji.

COBISS.SI-ID: 4329754

5.

Komentar na "Adaptivno večskalno molekularno dinamiko makromolekularnih tekočin"

Pokažemo, da je simulacija molekulske dinamike s spreminjanjem prostostnih stopenj možna le z uporabo termostata.

COBISS.SI-ID: 4760602