1.

Pojasnjevanje strukture trans-membranskih proteinov z uporabo javno dostopnih podatkovnih zbirk in eksperimentalnih podatkov o kompetitivni inhibiciji

Predstavljen je pristop k določitvi strukture bilitranslokaze, membranskega proteina, ki prenaša bilirubin iz krvi v jetrne celice. Znane 3D strukture trans-membranske domene (PDBTM) smo uporabili za izgradnjo modela za napovedovanje trans-membranskih segmentov. Preskusili smo tudi inhibicijske lastnosti niza raznovrstnih spojin v preiskovanih biomolekularnem sistemu. Informacije o kemijski strukturi majhnih molekul, ki s pomočjo bilitranslokaze preidejo celično membrano ali pa ta prehod blokirajo, nam pomaga graditi hipotezo o transportnem mehanizmu študiranega biološkega sistema.

B.04 Vabljeno predavanje

COBISS.SI-ID: 4559130

2.

Kemometrijski pristop k iskanju povezav med kemijsko strukturo in lastnostjo učinkovin za njihovo načrtovanje in prenos v celice: doktorska disert.

Del doktorske naloge je bil namenjen študiju inhibicije bilitranslokaze, transmembranskega proteina, katerega osnovna funkcija je prenos bilirubina iz krvi v jetrne celice. Testirali smo interakcije bilitranslokaze s purini, pirimidini ter njunimi derivati. Informacije o kemijski strukturi in inhibicijskih konstantah smo uporabili za gradnjo modelov z nevronsko mrežo. Pravilno klasifikacijo spojin in dobro napovedno zmogljivost smo dosegli z modelom protitočne nevronske mreže v povezavi z genetskim algoritmom, s povprečno napako (RMS) napovednega niza 0,47 log. enot interakcijske konstante.

D.09 Mentorstvo doktorandom

COBISS.SI-ID: 250510848