1.

Gostujoči profesor in raziskovalec na Univerzi v Torontu

Od septembra 2010 do avgusta 2011 je član projektne skupine dr. U. Petrovič gostujoči raziskovalec na 'Donnelly Centre for Cellular and Biomolecular Research' (CCBR) Univerze v Torontu, Kanada. Raziskovalci na CCBR so izvedli pionirske raziskave na področju funkcijske genomike in visokozmogljivostne genetike pri kvasovki, U. Petrovič pa je vključen v projekte, kjer se te tehnike še dodatno razvijajo in izboljšujejo.

B.05 Gostujoči profesor na inštitutu/univerzi

COBISS.SI-ID: 2073200

2.

Zaključeni doktorat mlade raziskovalke, ki se je usposabljala v okviru projekta

Na projektu je poleg ostalih sodelovala tudi mlada raziskovalka, ki je v okviru projektnih vsebin pripravila in zagovorila svoj doktorat: Mojca Mattiazzi (somentorja: Uroš Petrovič in Igor Križaj). Bila je dejavna tudi pri publiciranju svojih rezutatov v mednarodnih revijah.

D.09 Mentorstvo doktorandom

COBISS.SI-ID: 23893543

3.

Odkrivanje podskupin v podatkih z več odvisnimi spremenljivkami

Lan Umek je razvijal nove računske postopke, ki lahko odkrivajo in opišejo podskupine eksperimentov z značilnimi povezavami med eksperimentalnim opisom eksperimentiranca (vhodne spremenljivke) in potencialno kompleksnim opisom izida eksperimenta (izhodne spremenljivke). V disertaciji je bila med drugim prikazana uporaba razvitih tehnik na področju kemogenomike.

D.09 Mentorstvo doktorandom

COBISS.SI-ID: 8313684

4.

Razvoj orodja za odkrivanje znanj iz podatkov Orange

Vse racˇunske metode, ki smo jih razvili v projektu, so implementirane v nasˇem odprtokodnem sistemu za analizo podatkov Orange. Program smo tekom projekta razsˇirili z delom za predobdelavo in shranjevanje različnih kemogenomskih javno dostopnih podatkov in podatkov s področja molekularne biologije. V njem smo razvili različne metode, ki so dostopne tako preko skript v Pythonu ali preko grafičnega uporabniškega vmesnika. Publikacija, ki jo navajamo, pa primerja Orange in sorodna odprtokodna orodja.

F.06 Razvoj novega izdelka

COBISS.SI-ID: 6280532

5.

Izboljsˇana metoda za dolocˇanje fenotipske zmogljivosti kvasovk na agarju

Povecˇali smo gostoto kolonij kvasovk na plosˇcˇi z namenom zmanjsˇanja potrebne kolicˇine preiskovane snovi v presejalnem testu na genomski ravni. Nadgradili smo robotski manipulator, da dosega gostoto 1536 kolonij/plosˇcˇo (prej 384). Trenutno so v uporabi metode, ki temeljijo na meritvah povrsˇine kolonije, pri cˇemer niso uposˇtevane razlike v oblikah kolonij v prostoru. Da bi se izognili tej napaki, smo razvili pristop z uporabo presevnega opticˇnega cˇitanja plosˇcˇ s kolonijami, ki v kombinaciji z lastnim algoritmom pridobi tridimenzionalno obliko posamezne kolonije.

F.10 Izboljšanje obstoječega tehnološkega procesa oz. tehnologije