V dveh neodvisnih poskusih z dvokanalnimi mikromrežami in javno dostopnimi bazami podatkov smo proučevali vpliv izbire predprocesiranih metod na odkritje diferencialno izraženih genov. Pokazali smo, da sta tako seznam takih genov kot njihove ekspresijske vrednosti odvisne od izbarnega pristopa predprocesiranja. Največji vpliva na rezultate ima izbor normalizacijske metode. V članku smo predlagali enostavne, a učinkovit pristop, s katerim povečamo zanesljivost rezultatov.
COBISS.SI-ID: 1888847
Raziskali smo listni transkriptom vinske trte, okužene s fitoplazmo, ki povzroča počrnelost lesa. Ugotovili smo, da je okužba povezana z značilnimi spremembami genov, ki so vključeni v fotosintezo, biotski stres in sladkorni metabolizem. Na osnovi rezultatov smo pripravili tudi model interakcije. Članek je v bazi revij BMC označen kot 'Highly Accessed'.
COBISS.SI-ID: 2103375
Na primeru profila izražanja genov vinske trte po okužbi z glivo Eutypa lata, smo izboljšali in razširili obstoječo otologijo MapMan za uporabo na vinski trti. Članek je v bazi revij BMC označen kot 'Highly Accessed'.
COBISS.SI-ID: 2058319
V dveh poglavjih v znanstveni monografiji smo pokazali nove protokole za detekcijo nekaterih bakterij, ki okužujeo vinsko trto, vključno s fitoplazmami, na osnovi PCR v realnem času ter nove načine vizualizacije transkriptomskih podatkov v metabolnih poteh.
COBISS.SI-ID: 27756761
Analiza trt v sezoni, ko so bila bolezenska znamenja zelo izrazita je pokazala, da se statistično značilno poveča izražanje genov za saharoza sintazo in alkohol dehidrogenazo.
COBISS.SI-ID: 1888335