Cisteinski katepsini primarno cepijo substrat v reducirajočih in kislih pogojih v endolizosomih. Hkrati jih povezujejo tudi z zunajcelično proteolizo. Tako smo razvili test za proteolitsko procesiranje naravnih substratov cisteinskih katepsinov v zunajceličnem prostoru. V naši študiji smo pokazali, da proteolitsko delovanje cisteinskih katepsinov v ščitnici ni vezano na endolizosome in vključuje pomembno vlogo v uporabi zunajceličnih substratov. Razumevanje proteazne mreže in vivo je lažje s simulacijo fizioloških pogojev v testih proteazne aktivnosti.
COBISS.SI-ID: 23357479
Katepsin B (EC 3.4.22.1) ima pomembno vlogo pri znotraj celični proteinski razgradnji, vključen pa je tudi v vrsto patoloških procesov. Da bi pojasnili strukturne lastnosti objemajoče zanke pri vezavi na stefine, smo določili strukturo kompleksa stefina A in katepsina B v kristalu pri 2.6A resolucije. Primerjava struktur prostega katepsina Bs strukturami proencima, kompleksov katepsina B z šagasinom in stefinom A je pokazala, da je velikost pomika objemne zanke sorazmerna z velikostjo vezalne regije na ligandu.
COBISS.SI-ID: 24643111
S pomočjo mikroskopije na atomsko silo smo določili razdaljo, na kateri se začne interakcija med katepsini in stefinom A. To razdaljo smo neodvisno potrdili tudi s kombinacijo kristalnih struktur, kinetičnih podatkov in modeliranja. To je prvi primer uporabe mikroskopije na atomsko silo v primeru interakcij proteaz in njihovih inhibitorjev. Rezultati dajejo novo razumevanje interakcij med katepsini in stefini.
COBISS.SI-ID: 24059943