1.

Študije s konfokalno in elektronsko mikroskopijo znotrajceličnih agregacij stefina B

Pokazali smo, da endogeni stefin B tvori manjše, citoplazmatske agregate ter, da inhibicija proteasoma pripelje do povečanja količine endogenega proteina v celici, vendar tudi do večje agregacije stefina B. Z konfokalno mikroskopijo smo ugotovili, da so agregati stefina ko-lokalizirani z markerjema autofagije LC3 in p62. Delno ko-lokalizacijo agregatov stefina B pa smo opazili z ubikvitinom ter podenotami proteasoma S20 in S26, kakor tudi komponentami citoskeleta.

COBISS.SI-ID: 23321639

2.

Stefin B interagira s histoni in stefinom B v jedru

Identificirali smo interakcijo stefina B z histoni. Pokazali smo, da povečano izražanje stefina B v jedru vpliva na procesiranje CUX 1 transkripcijskega faktorja. Kot posledico manjše cepitve CUX 1, smo v celicah v katerih je bil stefin B še dodatno izražen v jedru, izmerili počasnejši potek celičnega cikla. Z uporabo FRET metode smo potrdili interakcijo stefina B z krajšo varianto katepsina L v jedru živih celic. Stefin B igra torej pomembno vlogo pri regulaciji aktivnosti katepsina L v jedru, ter da lahko ščiti substrate, kot npr. transkripcijski faktorji pred procesiranjem.

COBISS.SI-ID: 23338023

3.

Klasična ne pa alternativna aktivacija makrofagov vodi v povečano lokalizacijo SpiA3g v jederce celic.

Ob klasični aktivaciji makrofagov je izražanje serpina A3G (SpiA3G) izrazito povišano. Pokazali smo povečano lokalizacijo SpiA3G, ter ko lokalizacijo z katepsinom L v jedercu makrofagov ob klasični, ne pa tudi alternativni aktivaciji makrofagov. Navkljub večjemu izražanju katepsina L v jedru klasično aktiviranih makrofagov, nismo detektirali katepsinske aktivnosti. Ker samo stimulacije z pro-vnetnimi, ne pa tudi proti-vnetnimi citokini privedejo do povečanega izražanja SpiA3G v jedercu, lahko sklepamo, da je translokacija SpiA3G v jederce pomembna pri obrambi organizma pred patogeni.

COBISS.SI-ID: 23524135

4.

Sonde usmerjene proti aktivnemu mesti proteaz kot orodje funkcionalne proteomske analize proteaz

Številni mehanizmi, predvsem post translacijske regulacije, lahko vodijo do precejšnjih razlik med izražanjem proteinaz ter njihovo dejansko encimsko aktivnostjo. V članku so predstavljene strukturne značilnosti sond, usmerjenih proti aktivnemu mestu encima, ter uporaba le-teh sond v študijah proteinaz z različnimi tipi katalitskih mehanizmov

COBISS.SI-ID: 22136615

5.

Sonde proti aktivnemu mestu proteaz: uporaba za odkrivanje biomerkerjev, molekularno prikazovanje in testiranje zdravil

V članku je opisan razvoj in uporabo sond za aktivno mesto proteaz, uporaba teh sond za studij vloge proteaz v patoloških procesih. Bolj natančno smo se osredotočili na uporabo le –teh sond pri odkrivanju biomarkerjev, in vivo prikazovanju ter testiranju zdravil.

COBISS.SI-ID: 20499751