1.

JAPELJ, ZORKO, MAJERLE, PRISTOVŠEK in sod. The acyl group as the central element of the structural organization of antimicrobial lipopeptide

S pomočjo spektroskopskih tehnik, predvsem NMR, smo določili strukturo antimikrobnega peptida na osnovi zaporedja človeškega laktoferina v raztopini, ter v kompleksu z LPS (lipopolisaharid, endotoksin) in v različnih tipih okolja, ki so model za evkariontske ter bakterijske membrane. Ugotovili smo, da se peptid ob vezavi na LPS ali druge lipide zvije v definirano konformacijo, ki je odvisna od tipa okolja, v katerem se nahaja. Delo je že 10-krat citirano, rezultate smo predstavili na vabljenih predavanjih na znanstvenih konferencah in univerzah v tujini.

COBISS.SI-ID: 3635994

2.

PIRHER, IVIČAK, POHAR, BENČINA in JERALA. A second binding site for double-stranded RNA in TLR3 and consequences for interferon activation.

Receptor TLR3 prepoznava okužbo z virusi preko dvoverižne RNA. TLR3 se aktivira le ob vezavi dvoverižne RNA, daljše od 21 baznih parov. Odkrili smo obstoj dodatnega mesta za RNA, tako da se le-ta veže na dve mesti na ektodomeni TLR3. Pomen našega dela je v spoznanju, da se lahko tudi siRNA, ki obsega 21 bp, veže na TLR3 in na ta način povzroči produkcijo interferona-beta kot nespecifičnega odziva na terapijo s siRNA. Pokazali smo, da sekundarna struktura, ki vpliva na konformacijo nukleinskih kislin, vpliva na aktivacijo TLR3, kar je pomembno za dizajn dobre terapevtske interferenčne RNA.

COBISS.SI-ID: 3954714

3.

RESMAN, GRADIŠAR, VAŠL, MANČEK KEBER, PRISTOVŠEK in JERALA. Taxanes inhibit human TLR4 signaling by binding to MD-2.

Naš imunski sistem prepozna bakterijski lipopolisaharid (LPS, endotoksin) preko receptorskega kompleksa MD-2/TLR4. Mišje, toda ne človeške celice, ki izražajo MD-2/TLR4, lahko aktiviramo s paklitakselom, ki ga uporabljajo kot inhibitor mitoze pri terapiji raka. Pokazali smo, da paklitaksel veže človeški MD-2 in da se na MD-2 vezavno mesto za paklitaksel ujema z vezavnim mestom za LPS, kar vodi v inhibicijo signaliziranja zaradi LPS. Na osnovi paklitaksela in analogov bi lahko razvili terapevtske inhibitorje v procesih, kjer je udeležen MD-2 (npr. sepsa in ostale vnetne bolezni).

COBISS.SI-ID: 4065818

4.

RESMAN, VAŠL, OBLAK, PRISTOVŠEK in sod. Essential roles of hydrophobic residues in both MD-2 and toll-like receptor 4 in activation by endotoxin.

Pripravili smo model aktivacije receptorskega kompleksa TLR4/MD-2 z endotoksinom (LPS): hidrofobni ostanki MD-2 na mestih 82, 85 in 87 so ključni za prenos LPS s CD14 na monomeren MD-2 in za aktivacijo TLR4. Phe-440 in Phe-463, ohranjena hidrofobna ostanka na ektodomeni TLR4, sta ključna za aktivacijo TLR4 z LPS. Val-82, Met-85 in Leu-87 na MD-2 in končni deli druge acilne verige heksaaciliranega lipida A, ki se ne prilegajo hidofobnemu žepu MD-2, tvorijo hidrofobno površino, ki interagira s Phe-440 in Phe-463 sosednjega kompleksa TLR4/MD-2, kar vodi v aktivacijo TLR4.

COBISS.SI-ID: 4120602

5.

MANČEK KEBER, GRADIŠAR in sod. Free thiol group of MD-2 as the target for inhibition of the lipopolysaccharide-induced cell activation.

MD-2 sodeluje v TLR4 signalni poti in je nujno potreben za signalizacijo pri aktivaciji z LPS. Zaradi tega je primerna tarča za terapevtsko inhibicijo TLR4 signalizacije. MD-2 ima hidrofoben žep s prostim Cys133, ki omogoča kemijsko vezavo tiol-reaktivnih spojin. Pokazali smo, da IAANS in N-pirenmaleimid kovalentno vežeta Cys133 v žepu MD-2. Inhibicijo celične aktivacije smo pokazali tudi za spojini JTT-705 in auranofin, ki ju v medicini že uporabljajo pri zdravljenju povišanega holesterola oz. kot antirevmatik. Oralni vnos JTT-705 je močno inhibiral LPS-aktivirano produkcijo TNFa pri miših.

COBISS.SI-ID: 4173082