Endometrioza je ginekološko stanje, za katero je značilna huda bolečina v medenici in/ali neplodnost. Kombinacija nespecifičnih simptomov in invazivne laparoskopske diagnostike je spodbudila raziskovalce, da raziščejo potencialne biomarkerje, ki bi omogočili neinvazivno diagnozo endometrioze. Endometrioza je vnetna bolezen, zato različni citokini predstavljajo potencialne diagnostične biomarkerje. Ker naj bi kombinacije biomarkerjev omogočale boljše ločevanje med bolnicami in kontrolami, smo izmerili koncentracije 40 različnih citokinov v 210 vzorcih plazme (116 bolnic z endometriozo; 94 kontrol) iz dveh kliničnih centrov (UKC Ljubljana, AKH Dunaj). Rezultati statistične analize niso pokazali razlik v koncentracijah izmerjenih citokinov med bolnicami in kontrolami, kar je bilo potrjeno tudi z analizo glavne komponente, ki ni jasno ločila teh dveh skupin. Da bi potrdili hipotezo o bolj poglobljenem (nelinearnem) odnosu med spremenljivkami, smo uporabili metode strojnega učenja. Uporabili smo štiri pogoste algoritme strojnega učenja (odločitveno drevo, linearni model, »k-nearest neighbour«, naključni gozd), in analizirali ravni citokinov v plazmi in klinične podatke bolnic/kontrol. Izdelani modeli niso ločili bolnic z endometriozo od kontrolnih skupin z zadostno občutljivostjo in specifičnostjo. Ta študija tako kaže, da imajo ravni izbranih citokinov v plazmi omejen potencial za diagnozo endometrioze.
COBISS.SI-ID: 34551001
Neponovljivost raziskav na področju biomedicine je vsesplošen problem. Razlogi za neponovljivost objavljenih študij vključujejo: 1. neustrezno načrtovanje študij, 2. variabilnost bioloških reagentov (protitelesa, celične linije), 3. slabo kvaliteto podatkov, 4. pristransko analizo in interpretacijo podatkov in 5. neustrezno dokumentacijo in neustrezen opis protokolov. V post-genomskem obdobju biomedicinske raziskave pogosto vkjučujejo zbiranje biološkega materiala vključujoč fiziološke tekočine in vzorce tkiva živalskih modelov ali človeka v povezavi z najnovejšimi pristopi transkriptomike, proteomike in metabolomike. Omske študije fizioloških tekočin (krvi, urina, sline, cerebrospinalne tekočine, folikularne tekočine in peritonealne tekočine) so ključne za odkrivanje novih biokemijskih označevalcev, kakor tudi za boljše razumevanje mehanizmov razvoja bolezni, medtem ko ima molekularno profiliranje tkivnih vzorcev bistveno vlogo pri patofiziologije bolezni in za identifikacijo novih tkivnih biomarkerjev in novih tarč za razvoj zdravil.
COBISS.SI-ID: 33951449
Vodja projekta je bila vabljena predavateljica v okviru ”Pre-Congress Course Diagnosing endometriosis and adenomyosis: Today and tomorrow, ESHRE 2019” Dunaj, Avstrija 2019. Predavanje z naslovom “Proteomics and metabolomics – Discovery of diagnostic biomarkers of endometriosis” je bilo zelo dobro sprejeto.
COBISS.SI-ID: 34666201