Odnosi parazitskega obstajanja

Programsko skupino sestavljajo različni sklopi medicinske mikrobiologije, ki jih povezujejo raziskave molekularne epidemiologije in ekologije ter proučevanje genetskih raznolikosti in patogeneze določenih mikroorganizmov s katerimi želimo ugotoviti načine prenosa in širjenje ter dejavnike, ki vplivajo na nastanek in potek bolezni ter zdravljenje. SKLOP BAKTERIOLOGIJA: proučevali bomo mehanizme odpornosti, molekularno epidemiologijo patogenih bakterij in patogenezo okužb. Pri proti karbapenemom odpornih G- bacilih bomo poleg karbapenemaz iskali tudi spremembe na porinih. Pri ESBL enterobakterijah bomo proučevali razširjenost posameznih virulentnih klonov, določali encime in ugotavljali potek kolonizacije pri nosilcih. Pri CA-MRSA bomo proučevali virulentne dejavnike in genetsko raznolikost ter klone, ki imajo nove zapise za odpornost. Proučevali bomo genetsko heterogenost in patogenezo okužb z M. pneumoniae. SKLOP IMUNOLOGIJA: osredotočili se bomo na mikrobno patogenezo in značilnosti okužb pri imunsko-oslabljenem (IO) gostitelju. Naš cilj je proučiti posebne imunske značilnosti pri IO gostiteljih in imunopatogenetske značilnosti najpogostejših povzročiteljev okužb, ki se pojavljajo pri IO bolnikih (glivičnih, praživalskih, bakterijskih in virusnih). SKOP VIROLOGIJA: pri proučevanju malignih tumorjev bomo skušali ugotoviti ali obstajajo podtipske različice HPV6/11, ki so značilno povezane z nastankom malignih tumorjev oz ali je nastanek teh tumorjev povezan z genetskim ozadjem posameznika in/ali integracijo virusa v značilna področja človeškega genoma. Na področju enteričnih virusov se bomo osredotočili na spremljanje rotavirusnih različic genotipov in na molekularno epidemiologijo norovirusov, ki periodično povzročajo obširnejše epidemije. Pri raziskavah respiratornih virusov želimo z molekularno biološkimi metodami pri dobro klinično opredeljenih bolnikih ugotoviti ali na pojavnost in težo klinične slike vplivajo zgolj določeni sevi respiratornih virusov. Pri raziskavah virusnih hemoragičnih mrzlic (VHM) nameravamo poglobljeno proučiti patogenezo z ugotavljanjem stopnje aktivacije naravnega imunskega odziva, predvsem odziva s strani interferonov tipa I in raziskovanjem genetsko pogojenih dejavnikov imunskega odgovora. SKLOP ZOONOZE: nameravamo opredeliti riziko za razširjanje in pojavljanje zoonotičnih agensov, zato se bomo usmerili v razvijanje sodobnih diagnostičnih metod, sistematično pregledovanje gostiteljev in prenašalcev ter izdelavo napovednih zemljevidov. Proučevali bomo razširjenost vektorsko prenesenih zoonotičnih agensov, tako bakterijskih: borelije, leptospire, erlihije/anaplazme, francisele, kot virusnih: KMEV, HTNV, WNV, flebovirusi in parazitskih: Giardia sp.. nameravamo vzpostaviti nacionalno biobanko izolatov, ki bi omogočila natančno genotipizacijo mikroorganizmov, ter tako boljšo opredelitev njihovega zoonotskega potenciala.

SKLOP BAKTERIOLOGIJA Pri proti karbapenemom odpornih po gramu negativnih bacilih je mehanizem spremembe porinov slabo poznan in ga je potrebno bolj raziskati. Rezultati raziskave o poteku kolonizacije z enterobakterijami, ki izločajo ESBL bodo pojasnili trajanje, predilekcijska mesta in dejavnike, ki vplivajo na trajanje kolonizacije. Z določitvijo virulentnih klonov E. coli ESBL in encimov bomo razjasnili vzrok za povečevanje teh okužb. S proučitvijo CA-MRSA iz zbirke slovenskih izolatov bomo ugotovili, ali so le-te v porastu, kakšne so razlike med sevi, ki povzročajo okužbe in tistimi, ki samo kolonizirajo in ali je že prišlo do vnosa v bolnišnice. S proučevanjem patogeneze M. pneumoniae bomo odgovorili na vprašanje, ali so razlike v virulenci in spodbujanju tvorbe citokinov med posameznimi genotipi. SKLOP IMUNOLOGIJA V naši raziskavi se bomo osredotočili na okužbe pri bolnikih s prirojenimi imunskimi pomanjkljivostmi, ki jih bomo fenotipsko in genetsko opredelili [agamaglobulinemija, splošna stanja imunske pomanjkljivosti (CVID)]. Pri bolnikih z imunsko pomanjkljivostjo bomo analizirali celične in molekularne mehanizme, ki so pomembni pri obrambi proti glivami. Raziskava bo prispevala k boljšemu razumevanju patogeneze glivičnih bolezni in k izboljšanju protiglivičnih zdravil in cepiv. Poleg tega bodo rezultati predlaganega programa pomembni pri naših nadaljnjih raziskavah pri bolnikih z glivičnimi boleznimi dihal. SKLOP VIROLOGIJA Opredelitev novih genotipov HPV lahko prispeva k boljšemu razumevanju virusne patogeneze in bolezni povezanih s HPV, oceni splošne raznolikosti in evolucijskih povezav HPV, izboljšanju virusne diagnostike in razvoju HPV-cepiv. Z molekularno analizo s HPV6/11 povzročenih malignih tumorjev bomo pomembno prispevali k boljšemu poznavanju karcinogeneze posredovane z nizkorizičnimi genotipi HPV. S preučevanjem epidemiologije enteričnih virusov bomo doprinesli k pojasnjevanju evolucijskih mehanizmov virusnega razvoja, kar je osnova za študijo patogeneze, razvoja cepiv in protimikrobnih učinkovin ter diagnostike. S korelacijo virusnih dejavnikov in gostiteljevega odziva bomo poskušali prepoznavati mehanizme patogeneze virusnih hemoragičnih mrzlic in s tem doprinesli k boljšemu razumevanju raznolikega poteka bolezni. SKLOP ZOONOZE Z izdelavo napovednih zemljevidov bomo opredelili poglavitne ekološke in antropološke dejavnike, ki vplivajo na porast incidence HMRS in tako pomagali k izboljšanju preventive. Razviti napovedni zemljevidi bodo uporabni tudi sosednjih državah, saj se zoonoze širijo glede na naravne ovire in ne nacionalne meje države. Razvili bomo sodobne diagnostične metode, ki bodo na voljo znanstvenikom v Sloveniji in drugod po svetu. Za razvoj znanosti je zelo pomembna vzpostavitev nacionalnih zbirk biobank vzorcev, ki omogočajo natančno genotipizacijo zoonotskih agensov, odkritje novih genotipov in povzročiteljev ter hitro izmenjavo informacij.

SKLOP BAKTERIOLOGIJA Rezultati raziskav prevalence kolonizacije z enterobakterijami, ki izločajo ESBL, bodo temelj za oblikovanje učinkovitih priporočil za preprečevanja širjenja teh bakterij. S trenutnim znanjem in priporočili namreč ni mogoče dovolj učinkovito zajeziti širjenja teh večkratno odpornih bakterij v bolnišnicah. Enako velja za bakterije CA-MRSA, kjer bomo z boljšim poznavanjem omogočili ustrezne javnozdravstvene ukrepe. Z molekularnimi in antigenskimi metodami, bomo izboljšali diagnostiko bakterijskih in glivnih okužb in s tem pripomogli k optimizaciji zdravljenja. SKLOP IMUNOLOGIJA V zadnjih desetletjih incidenca glivnih okužb narašča, predvsem med imunsko oslabljenimi bolniki. Pri raziskavi bomo proučili interakcijo med različnimi vrstami Candida spp. in gostiteljevimi vnetnimi celicami ter skušali ugotoviti, kako imunski odziv vpliva na potek in izhod teh okužb. Rezultati raziskav bodo omogočili boljše poznavanje imunoloških procesov, s čimer bomo prispevali k boljši klinični obravnavi in zdravljenju teh okužb. SKLOP VIROLOGIJA V sklopu raziskave (mehanizmov) karcinogeneze posredovane z nizkorizičnimi genotipi HPV bomo prvič uporabili metodo globokega sekveniranja in številna programska orodja za analizo in primerjavo sekvenčnih podatkov, kar bo po naši oceni pomembno vplivalo na razvoj stroke in inženirske prakse v Sloveniji. Z racionalno diagnostiko virusnih okužb bomo lahko pravočasno zaznali epidemije v okolju in znotraj zdravstvenih in varstvenih ustanov kar ima vpliv na obolevnost, smrtnost, racionalno uporabo protimikrobnih zdravil in neposredne stroške povezane z obravnavo bolnika. Hkrati bomo z rezultati raziskav zagotavljali osveženo podatkovno zbirko virusnih genetskih linij, ki se pojavljajo v Sloveniji. Z vzpostavitvijo standardnih protokolov za dokaz virusnih povzročiteljev ob nepojasnjenih okužbah in na podlagi lastnih podatkovnih zbirk bomo lahko vodili in razvijali najuspešnejši mikrobiološki diagnostični center v Sloveniji. Z razumevanjem patogeneze virusnih hemoragičnih mrzlic bomo lahko ocenili možnost uporabe že registriranih zdravil pri zdravljenju težkih oblik bolezni. SKLOP ZOONOZE Z raziskavami bomo izboljšali nadzor nad pojavljanjem in pogostnostjo različnih zoonotskih patogenov v Sloveniji ter omogočili natančno opredelitev stopenj tveganja za okužbo. S tem bomo prispevali k bolj usmerjenem ozaveščanju javnosti in postavili temelje za razvoj preprečevalnih in zajezitvenih ukrepov. Rezultat bo izboljšano javno zdravje kot tudi večja ekonomičnost le-tega na področjih spremljanja in obvladovanja zoonoz. Ustvariti želimo nacionalno zbirko izolatov virusov, ki krožijo v Sloveniji, s čimer bomo prispevali k večjem vedenju o razširjenosti in pogostnosti teh agensov in njihovih različic v Sloveniji. V okviru evropskega projekta, pa bomo omogočili promocijo in distribucijo virusov in virusnih produktov drugim raziskovalnim ustanovam, ki izvajajo tako bazične kot aplikativne raziskave.