Metode za povezovanje podatkov in znanja v sistemski biologiji mrež

Za področje raziskav v bioinformatiki in biomedicini v okviru projekta razvijamo pristope k odkrivanju znanj, ki znajo usklajeno kombinirati informacije iz različnih podatkovnih virov in baz znanj. Področje bioinformatike in analize podatkov so je do nedavna osredotočalo na razvoj metod, ki so tipično obravnavale podatke iz enega samega vira, ob naraščanju števila in tipov virov podatkov in informacij na tem področju pa je nujen razvoj integracijskih pristopov. Tekom projekta razvite pristope uporabljamo na področju dveh pomembnih biomedicinskih aplikacij. Načrtovana rekonstrukcija adiponektinski homologne signalne poti pri kvasovki bo omogočila rekonstrukcijo homologne poti tudi v človeških celicah, s čimer bodo odprte možnosti za iskanje in razvoj novih zdravil za zdravljenje diabetesa tipa 2 in metabolnega sindroma. Razvite metode nam bodo pomagale pri eksperimentalni določitvi interakcij med ravnovesjem holesterola in presnovo zdravil v s statini-tretiranih človeških primarnih hepatocitah, na ravni transkriptoma in metaboloma. To bo pripomoglo k razjasnitvi stranskih učinkov statinov.

Nove metode, ki jih razvijamo v projektu, lahko na področju biomedicine bistveno izboljšajo proces predlaganja novih in uporabnih hipotez. Z integracijo lastnih eksperimentalnih rezultatov s prosto dostopnimi viri informacij lahko zmanjšamo stroške raziskav oz. omogočimo raziskave na področjih, ki bi sicer zahtevala velika finančna vlaganja. V Sloveniji smo v primerjavi z razvitimi državami priča pomanjkanju vrhunskih interdisciplinarnih projektov, ki združujejo raziskovalce s področij računskih pristopov in biomedicine, pričujoči projekt pa dokaz, da je tudi pri nas tako sodelovanje lahko zaželeno in uspešno.