Genomski pristop k nevrodegenerativnim boleznim

Vsem nevrodegenerativnim boleznim je skupna progresivna degeneracija živčnih celic, ki je zaradi nedostopnosti prizadetega tkiva ne moremo spremljati in vivo. Proces degeneracije se začne pred pojavom bolezenskih simptomov kar nam daje možnost za terapevtsko intervencijo v smislu preprečevanja napredovanja bolezni. Za oceno stopnje nevrodegenerativnega procesa je potrebno pridobiti novo znanje o patogenetskih mehanizmih in s tem razviti senzitivne in specifične biooznačevalce. Ena izmed nevrodegenerativnih bolezni, kjer imamo možnost identificirati bolnike še pred pojavom simptomov, je Huntingtonova bolezen (HB). Ena od široko sprejetih hipotez o patogenezi HB v zadnjem času je povezana z moteno transkripcijo DNK, ki je bila dokazana v centralnem živčnem sistemu in v mišičnem tkivu pri celičnih in živalskih modelih HB. Ker se huntingtin in faktorji transkripcije, na katere vpliva, izražajo v vseh celicah, predvidevamo, da so motnje v transkripciji prisotne tudi v perifernih limfocitih nosilcev mutacije za HB in da bomo pri njih, v primerjavi z zdravimi kontrolami, našli spremembe na nivoju globalne genske ekspresije z uporabo metodologije genskih mikromrež. S statistično in bioinformatsko analizo razlik globalne genske ekspresije pri nosilcih mutacije za HB v različnih stadijih bolezni v primerjavi z zdravimi kontrolami pričakujemo odkritje genetskih biooznačevalcev, ki bi pripomogli k poznavanju patogeneze bolezni, oceni stadija in prognoze bolezni, kakor tudi k razvoju novih zdravil in ocene odgovora na nove oblike zdravljenja HB. Glede na prekrivanje kliničnih znakov in do sedaj poznanih patogenetskih poti za nevrodegenerativne bolezni predpostavljamo, da je možno ugotoviti nove bolj specifične genetske biooznačevalce, ki so skupni različnim nevrodegenerativnim boleznim. V namen testiranja te predpostavke bomo pripravili bazo podatkov ekspresijskih sprememb pri izbranih nevrodegenerativnih boleznih (HB, Alzheimerjeva bolezen, Parkinsonova bolezen, spinocerebelarna ataksija). Z metodami podatkovnega rudarjenja in z literaturo podprtega odkrivanja novega znanja bomo skušali identificirati biooznačevalce, ki so skupni različnim boleznim.