Nalaganje ...
Projekti / Programi
Razvoj računalniških algoritmov za simulacije makromolekularnih sistemov
Raziskovalna dejavnost
| Koda | Veda | Področje | Podpodročje |
|---|---|---|---|
| 1.07.00 | Naravoslovje | Računalniško intenzivne metode in aplikacije |
| Koda | Veda | Področje |
|---|---|---|
| P170 | Naravoslovno-matematične vede | Računalništvo, numerična analiza, sistemi, kontrola |
| P190 | Naravoslovno-matematične vede | Matematična in splošna teoretična fizika, klasična mehanika, kvantna mehanika, relativnost, gravitacija, statistična fizika, termodinamika |
Ključne besede
Računalniške simulacije, algoritmi, molekulska dinamika, DFT metode, simplektične metode, analiza po normalnih načinih nihanja, hamiltonski sistemi, potencialna polja, makromolekule
Vrednotenje
(metodologija)
Organizacije (1) , Raziskovalci (5)
0104 Kemijski inštitut
| št. | Evidenčna št. | Ime in priimek | Razisk. področje | Vloga | Obdobje | Štev. publikacijŠtev. publikacij |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. | 23422 | Računalniško intenzivne metode in aplikacije | Mladi raziskovalec | 2004 - 2007 | 36 | |
| 2. | 02287 | Kemija | Raziskovalec | 2004 - 2007 | 288 | |
| 3. | 06734 | Računalniško intenzivne metode in aplikacije | Vodja | 2004 - 2007 | 507 | |
| 4. | 13627 | Računalniško intenzivne metode in aplikacije | Raziskovalec | 2004 - 2007 | 234 | |
| 5. | 19037 | Računalniško intenzivne metode in aplikacije | Raziskovalec | 2004 - 2007 | 340 |
Povzetek
Cilj predlaganega raziskovalnega projekta je povečanje natančnosti in učinkovitosti obstoječih algoritmov za simulacije molekulske dinamike makromolekularnih sistemov. Predvsem nameravamo: i) učinkovito reševati klasične in kvantne enačbe gibanja s pomočjo novo razvitih simplektičnih algoritmov, ki temeljijo na analitični obravnavi visokofrekvenčnih gibanj, ii) upoštevati kvantne efekte pri dinamiki lahkih delcev s pomočjo metod za propagacijo valovnih paketov in teorije gostotnih funkcionalov in iii) izboljšati obravnavo topila pri simulaciji molekulske dinamike z razvojem metod, kjer le hidratacijsko plast topila predstavimo eksplicitno, preostali del topila pa implicitno.
Predlagane metodološke izboljšave bodo omogočile povečanje zmogljivosti obstoječih algoritmov tako glede velikostne kot časovne skale in s tem prispevale k boljšemu vpogledu v odnos med strukturo in funkcijo obravnavanega sistema. Uporabnost novo razvitih metod in pristopov bomo pokazali na nekaterih biološko zanimivih primerih.