Razširjenost, molekularna evolucija in prilagoditve bakterij na živalske gostitelje: klamidije in mikoplazme

V prebavnem traktu kopenskih enakonožnih rakov so bile nedavno odkrite in delno že opisane doslej neznane vrste simbiontskih mikroorganizmov, ki sodijo v bakterijske redove Chlamydiales in Mycoplasmales. Preliminarne raziskave kažejo, da so ti organizmi bolj razširjeni in filogenetsko bolj pestri kot se je domnevalo doslej, zato obstaja precejšnja verjetnost, da le-ti ali pa njihovi doslej prav tako še neznani sorodniki sodelujejo v simbiotskih (pozitivnih ali negativnih) interakcijah tudi z drugimi vretenčarskimi in nevretenčarskimi gostitelji. Pri tem se poraja vrsta zanimivih in pomembnih vprašanj, od razširjenosti teh organizmov v okolju, do narave njihove evolucije, ki je morda tesno vezana na živalskega gostitelja, in nenazadnje tudi medsebojnih vplivov, ki se lahko manifestirajo v morfološkem, fiziološkem in/ali genetskem smislu. Namen tega projekta je z molekularnimi orodji kot npr. in situ hibridizacijo s specifičnimi oligonukleotidnimi sondami ali specifično kvali oz. kvantitativno verižno reakcijo (PCR) preiskati vrsto možnih vretenčarskih in nevretenčarskih gostiteljev in ugotoviti, ali lahko v njihovih tkivih oz. organih odkrijemo tarčne sekvence specifične za omenjene mikroorganizme. Pri pozitivnih gostiteljih bomo nato odkrite mikroorganizme poskušali osamiti in jih podrobno preučiti. V kolikor gojenje v "in vitro" razmerah zaradi narave simbiontskih mikrobov ne bo možno (kar je pričakovano), jih bomo preučili s kombinacijo molekularno genetskih, imunoloških in mikroskopskih metod. Tako nameravamo določiti njihovo mesto v filogenetsko-taksonomskem sistemu in na osnovi pridobljenih sekvenc pripraviti nova molekularno biološka in imunološka orodja za še bolj učinkovito odkrivanje in spremljanje njihove populacijske dinamike v gostitelju in okolju. Preučiti nameravamo naravo interakcije in vplive na gostitelja in simbionte. Pričakujemo, da bomo odkrili več novih vrst, rodov in morda celo družin teh zanimivih in tudi pomembnih mikroorganizmov, osvetlili različne aspekte simbioze z različnimi gostitelji in na modelnem gostiteljskem organizmu, t.j. enakonožnem kopenskem raku Porcellio scaber, ugotovili naravo interakcije in biokemijsko in genetsko podlago, ki takšne interakcije omogoča.