Peptidni inhibitorji lipopolisaharida

Lipopolisaharid (LPS) v telesu sproža vrsto obrambnih reakcij ali pa celo septični šok, ki je vzrok smrti v več kot 100.000 primerih letno samo v ZDA. Preučevali bomo vezavo znanih peptidnih inhibitorjev (ki so naravni obrambni peptidi ali pa fragmenti proteinov, ki vežejo LPS) na LPS s tehnikami jedrske magnetne resonance (NMR), in računalniško modelirali strukture kompleksov. Le-te bomo primerjali s strukturami peptidnih fragmentov v izvornih proteinih, kadar so njihove rentgenske strukture znane, in postavili hipoteze o vzorcih vezave peptidov in proteinov na LPS. Hipoteze bomo preverjali s sintezo načrtno spremenjenih peptidov ter in vitro merjenjem njihove aktivnosti, t.j. inhibicije delovanja LPS. Peptidi, ki se bodo pri teh meritvah izkazali, bodo vstopili v nov krog NMR meritev in molekularnega modeliranja kompleksa z LPS, zasledovali pa bomo tudi njihovo toksičnost. Namen predloženega projekta je postavitev osnove za racionalno načrtovanje novih peptidnih inhibitorjev delovanja LPS.