Projekti / Programi
Odkrivanje spremenjenih regulatornih poti, epigenetskih sprememb in prirojenih genetskih variant pri otroškem multisistemskem vnetnem sindromu povezanem s COVID-19
Koda |
Veda |
Področje |
Podpodročje |
3.05.00 |
Medicina |
Reprodukcija človeka |
|
Koda |
Veda |
Področje |
3.02 |
Medicinske in zdravstvene vede |
Klinična medicina |
Multisistemski vnetni sindrom pri otrocih, SARS-CoV-2, posamezno celično RNK + ATAC sekvenciranje, epigenetika, metilacija, , , , , ,
Podatki za zadnjih 5 let (citati za zadnjih 10 let) na dan
12. oktober 2025;
Podatki za izračun ocene A3 se nanašajo na obdobje
2020-2024
Podatki za razpise ARIS (
04.04.2019 - Programski razpis,
arhiv
)
Baza |
Povezani zapisi |
Citati |
Čisti citati |
Povprečje čistih citatov |
WoS |
355
|
8.336
|
7.770
|
21,89
|
Scopus |
337
|
9.893
|
9.210
|
27,33
|
Organizacije (1)
, Raziskovalci (24)
0312 Univerzitetni klinični center Ljubljana
Povzetek
Korona virusna bolezen COVID-19 je posledica okužbe s SARS-CoV-2 (angl. Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2). Pri otrocih se običajno pojavijo minimalni simptomi ali pa imajo asimptomatsko obliko. Pri manjšemu deležu otrok pa se pojavi postinfekcijski multisistemski vnetni sindrom, povezan s SARS-CoV-2 (MIS-C; angl. multisystem inflammatory syndrome in children). Ta življenjsko nevaren, hiperinflamatorni sindrom je pri mlajših otrocih podoben Kawasakijevi bolezni (KD; angl. Kawasaki disease) in sindromu toksičnega šoka, medtem ko se pri starejših otrocih lahko kaže kot šok z značilnostmi sindroma citokinske nevihte ali sindroma aktivacije makrofagov (MAS, angl. Macrophage activation syndrome). MIS-C se pojavi 2-6 tednov po začetni okužbi s SARS-CoV-2. Zaradi redkosti bolezni, je na voljo le malo podatkov o poteku bolezni in dinamiki kliničnih ter laboratorijskih parametrov, zelo omejene so informacije o prognozi in izidu. Še vedno je tudi odprtih veliko vprašanj glede patofiziologije MIS-C.
To je prva študija, katere cilj je celovito osvetliti transkriptomski in epigenetski podpis v času pojava MIS-C. Raziskali bomo parne profile izražanja genov in dostopnosti kromatina ob pojavu MIS-C ter metilacijski podpis v celotnem genomu. Namen projekta je izboljšati razumevanje regulatornih mrež in epigenetskih sprememb, ki so spremenjene med izbruhom MIS-C, in s tem podpreti klinični vtis o dinamiki kliničnih in laboratorijskih značilnosti bolnikov z MIS-C ter predlagati smernice za bolj ciljno usmerjeno zdravljenje. Sekundarni namen projekta pa je identificirati prirojene genetske variante povezane z dovzetnostjo za MIS-C in s tem omogočiti zgodnejšo diagnostiko MIS-C in morebitno preprečevanje te bolezni.
Naša hipoteza je, da so v času izbruha MIS-C spremenjene regulatorne poti in epigenetski vzorci, ki vplivajo tako na pridobljeni kot tudi priučeni imunski sistem, in da so prirojene genetske spremembe v regijah, ki kodirajo ali uravnavajo le te spremenjene regulatorne poti, povezane z dovzetnostjo za MIS-C. Za namen te študije imamo že zbranih 88 vzorcev krvi bolnikov z MIS-C, diagnosticiranih na Pediatrični kliniki, UKC Ljubljana, tekom izbruha MIS-C, pred začetkom zdravljenja in po šestih mesecih remisije. Da bi celovito raziskali molekularne mehanizme, na katerih temelji patogeneza MIS-C, ter opredelili morebitne biomarkerje in terapevtske tarče, predlagamo šestdelni multiomski raziskovalni projekt:
DP1: Klinične značilnosti in biobanka;
DP2: Odkrivanje tipov krvnih celic in regulatornih mrež, ki so spremenjene v času izbruha MIS-C, z uporabo posamezno celičnega sekvenciranja ATAC + sekvenciranja genske ekspresije. Da bi zagotovili zanesljivost naših ugotovitev bomo dobljene transkriptomske profile ocenili tudi s skupnim sekvenciranjem RNK izbranih tipov celic na večji neodvisni skupini bolnikov;
DP3: Ocena diferencialnega izražanja nekodirajočih elementov in analiza njihove vloge pri patogenezi MIS-C, z napredno bioinformacijsko analizo podatkov, pridobljenih tekom DP2;
DP4: Analiza možnih patoloških variant, ki so povezane z dovzetnostjo za MIS-C, z uporabo transkriptomskih zaporedji, pridobljenih v okviru delovnega paketa DP2;
DP5: Določitev različno metiliranih regij na ravni celotnega genoma s tehnologijo sekvenciranja z dolgimi odčitki Oxford Nanopore Technology;
DP6: Integracija vseh podatkov z algoritmi naprednega strojnega učenja s clijem oblikovanja predlaganih smernic za predpisovanje bolj usmerjenega zdravljenja.
Projekt bo rezultiral v transkriptomskih, epigenetskih in genetskih markerjih, povezanih z izbruhom MIS-C, ki bi jih lahko evaluirali v večjih multicentričnih mednarodnih študijah. Poleg tega bi lahko boljše razumevanje motenih regulativnih omrežij, ki povzročajo vnetje pri MIS-C, omogočilo nova spoznanja o boleznih s podobnimi kliničnimi opisi, kot je KD. Podatki, pridobljeni tekom tega projekta, lahko prispevajo k številnim vplivnim publikacijam iz področja patofiziologije MIS-C.