Nalaganje ...
Projekti / Programi vir: ARIS

Odkrivanje spremenjenih regulatornih poti, epigenetskih sprememb in prirojenih genetskih variant pri otroškem multisistemskem vnetnem sindromu povezanem s COVID-19

Raziskovalna dejavnost

Koda Veda Področje Podpodročje
3.05.00  Medicina  Reprodukcija človeka   

Koda Veda Področje
3.02  Medicinske in zdravstvene vede  Klinična medicina 
Ključne besede
Multisistemski vnetni sindrom pri otrocih, SARS-CoV-2, posamezno celično RNK + ATAC sekvenciranje, epigenetika, metilacija, , , , , ,
Vrednotenje (metodologija)
vir: COBISS
Upoš. tč.
4.374,59
A''
606,84
A'
2.458,47
A1/2
3.594,71
CI10
10.748
CImax
418
h10
51
A1
16,1
A3
1,07
Podatki za zadnjih 5 let (citati za zadnjih 10 let) na dan 12. oktober 2025; Podatki za izračun ocene A3 se nanašajo na obdobje 2020-2024
Podatki za razpise ARIS ( 04.04.2019 - Programski razpis, arhiv )
Baza Povezani zapisi Citati Čisti citati Povprečje čistih citatov
WoS  355  8.336  7.770  21,89 
Scopus  337  9.893  9.210  27,33 
Organizacije (1) , Raziskovalci (24)
0312  Univerzitetni klinični center Ljubljana
št. Evidenčna št. Ime in priimek Razisk. področje Vloga Obdobje Štev. publikacijŠtev. publikacij
1.  19258  dr. Tadej Avčin  Reprodukcija človeka  Raziskovalec  2023 - 2025  511 
2.  30144  Maja Čamernik    Tehnični sodelavec  2023 - 2025  17 
3.  60054  Anja Cerovšek  Reprodukcija človeka  Tehnični sodelavec  2025 
4.  54654  dr. Klementina Črepinšek  Reprodukcija človeka  Mladi raziskovalec  2023 - 2025  20 
5.  38769  dr. Barbara Čugalj Kern  Metabolne in hormonske motnje  Raziskovalec  2023 - 2025  22 
6.  15657  dr. Maruša Debeljak  Onkologija  Raziskovalec  2023 - 2025  272 
7.  54522  Nina Emeršič  Reprodukcija človeka  Raziskovalec  2023 - 2025  36 
8.  50313  Tamara Grgić  Reprodukcija človeka  Tehnični sodelavec  2023 - 2025 
9.  56452  Ana Grom  Reprodukcija človeka  Tehnični sodelavec  2023 - 2025 
10.  30143  Mateja Hren    Tehnični sodelavec  2023 - 2025  18 
11.  35356  dr. Barbara Jenko Bizjan  Medicina  Vodja  2023 - 2025  91 
12.  34915  Anja Koren Jeverica  Mikrobiologija in imunologija  Raziskovalec  2023 - 2025  62 
13.  32181  dr. Jernej Kovač  Medicina  Raziskovalec  2023 - 2025  246 
14.  59737  Alma Kulašić    Tehnični sodelavec  2024 - 2025 
15.  60770  Lucija Leko  Biokemija in molekularna biologija  Mladi raziskovalec  2025 
16.  37426  dr. Robert Šket  Reprodukcija človeka  Raziskovalec  2023 - 2025  88 
17.  56916  Barbara Slapnik  Reprodukcija človeka  Mladi raziskovalec  2023 - 2025  13 
18.  37490  dr. Tine Tesovnik  Reprodukcija človeka  Raziskovalec  2023 - 2025  87 
19.  28571  dr. Nataša Toplak  Mikrobiologija in imunologija  Raziskovalec  2023 - 2025  195 
20.  20128  dr. Alenka Trampuš Bakija  Srce in ožilje  Raziskovalec  2023 - 2025  139 
21.  29810  Tina Vesel Tajnšek  Mikrobiologija in imunologija  Raziskovalec  2023 - 2025  77 
22.  56330  Blaž Vrhovšek  Medicina  Raziskovalec  2023 - 2025  18 
23.  60506  Doroteja Vujinović    Tehnični sodelavec  2025 
24.  50227  dr. Mojca Zajc Avramovič  Reprodukcija človeka  Raziskovalec  2023 - 2025  65 
Povzetek
Korona virusna bolezen COVID-19 je posledica okužbe s SARS-CoV-2 (angl. Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2). Pri otrocih se običajno pojavijo minimalni simptomi ali pa imajo asimptomatsko obliko. Pri manjšemu deležu otrok pa se pojavi postinfekcijski multisistemski vnetni sindrom, povezan s SARS-CoV-2 (MIS-C; angl. multisystem inflammatory syndrome in children). Ta življenjsko nevaren, hiperinflamatorni sindrom je pri mlajših otrocih podoben Kawasakijevi bolezni (KD; angl. Kawasaki disease) in sindromu toksičnega šoka, medtem ko se pri starejših otrocih lahko kaže kot šok z značilnostmi sindroma citokinske nevihte ali sindroma aktivacije makrofagov (MAS, angl. Macrophage activation syndrome). MIS-C se pojavi 2-6 tednov po začetni okužbi s SARS-CoV-2. Zaradi redkosti bolezni, je na voljo le malo podatkov o poteku bolezni in dinamiki kliničnih ter laboratorijskih parametrov, zelo omejene so informacije o prognozi in izidu. Še vedno je tudi odprtih veliko vprašanj glede patofiziologije MIS-C. To je prva študija, katere cilj je celovito osvetliti transkriptomski in epigenetski podpis v času pojava MIS-C. Raziskali bomo parne profile izražanja genov in dostopnosti kromatina ob pojavu MIS-C ter metilacijski podpis v celotnem genomu. Namen projekta je izboljšati razumevanje regulatornih mrež in epigenetskih sprememb, ki so spremenjene med izbruhom MIS-C, in s tem podpreti klinični vtis o dinamiki kliničnih in laboratorijskih značilnosti bolnikov z MIS-C ter predlagati smernice za bolj ciljno usmerjeno zdravljenje. Sekundarni namen projekta pa je identificirati prirojene genetske variante povezane z dovzetnostjo za MIS-C in s tem omogočiti zgodnejšo diagnostiko MIS-C in morebitno preprečevanje te bolezni. Naša hipoteza je, da so v času izbruha MIS-C spremenjene regulatorne poti in epigenetski vzorci, ki vplivajo tako na pridobljeni kot tudi priučeni imunski sistem, in da so prirojene genetske spremembe v regijah, ki kodirajo ali uravnavajo le te spremenjene regulatorne poti, povezane z dovzetnostjo za MIS-C. Za namen te študije imamo že zbranih 88 vzorcev krvi bolnikov z MIS-C, diagnosticiranih na Pediatrični kliniki, UKC Ljubljana, tekom izbruha MIS-C, pred začetkom zdravljenja in po šestih mesecih remisije. Da bi celovito raziskali molekularne mehanizme, na katerih temelji patogeneza MIS-C, ter opredelili morebitne biomarkerje in terapevtske tarče, predlagamo šestdelni multiomski raziskovalni projekt: DP1: Klinične značilnosti in biobanka; DP2: Odkrivanje tipov krvnih celic in regulatornih mrež, ki so spremenjene v času izbruha MIS-C, z uporabo posamezno celičnega sekvenciranja ATAC + sekvenciranja genske ekspresije. Da bi zagotovili zanesljivost naših ugotovitev bomo dobljene transkriptomske profile ocenili tudi s skupnim sekvenciranjem RNK izbranih tipov celic na večji neodvisni skupini bolnikov; DP3: Ocena diferencialnega izražanja nekodirajočih elementov in analiza njihove vloge pri patogenezi MIS-C, z napredno bioinformacijsko analizo podatkov, pridobljenih tekom DP2; DP4: Analiza možnih patoloških variant, ki so povezane z dovzetnostjo za MIS-C, z uporabo transkriptomskih zaporedji, pridobljenih v okviru delovnega paketa DP2; DP5: Določitev različno metiliranih regij na ravni celotnega genoma s tehnologijo sekvenciranja z dolgimi odčitki Oxford Nanopore Technology; DP6: Integracija vseh podatkov z algoritmi naprednega strojnega učenja s clijem oblikovanja predlaganih smernic za predpisovanje bolj usmerjenega zdravljenja. Projekt bo rezultiral v transkriptomskih, epigenetskih in genetskih markerjih, povezanih z izbruhom MIS-C, ki bi jih lahko evaluirali v večjih multicentričnih mednarodnih študijah. Poleg tega bi lahko boljše razumevanje motenih regulativnih omrežij, ki povzročajo vnetje pri MIS-C, omogočilo nova spoznanja o boleznih s podobnimi kliničnimi opisi, kot je KD. Podatki, pridobljeni tekom tega projekta, lahko prispevajo k številnim vplivnim publikacijam iz področja patofiziologije MIS-C.
Zgodovina ogledov
Priljubljeno