Določanje izvora jetrnih zasevkov iz tekočinskih biopsij

Določanje izvora jetrnih zasevkov iz tekočinskih biopsij Uvod Tumorji jeter so pogosti in vključujejo primarne in metastatske tumorje. Natančna določitev vrste tumorja je bistven korak pri izbiri optimalnega zdravljenja. Najtežje je razlikovati med metastatskimi adenokarcinomi različnega izvora ter med metastatskimi adenokarcinomi in holangiokarcinomom. To razlikovanje je včasih težko, kljub uporabi najobsežnejših kliničnih, laboratorijskih, radioloških, endoskopskih in patoloških pregledov. Tak tumor se imenuje rak neznanega primarnega izvora. Tumorji jeter so bodisi primarni tumorji, vključno s hepatocelularnim karcinomom in intrahepatičnim holangiokarcinomom, ali metastatski tumorji, najpogosteje karcinomi, melanomi, limfomi in sarkomi. Včasih je težko razlikovati med metastatskim karcinomom jeter in primarnim karcinomom jeter (hepatocelularni karcinom ali holangiokarcinom), vendar pa je glede na različne možnosti prognoze in zdravljenja ta diskriminacija ključnega pomena. Karcinogenezo spremljajo obsežne genomske spremembe v celici, vključno s spremembami DNA, spremenjenim izražanjem proteinov in epigenetskimi spremembami (npr. metilacija DNA). Te spremembe je mogoče zaznati v stranskih produktih tumorja, ki krožijo v tekočinskih biopsijah: cirkulirajoče nukleinske kisline (cirkulirajoča tumorska DNA, mRNA in miRNA), cirkulirajoče tumorske celice in zunajcelični vezikuli. Mnoge od teh sprememb se pojavijo zgodaj v tumorigenezi in so zelo razširjene pri različnih vrstah tumorjev. Kombinacija različnih označevalcev v tekočinskih biopsijah veliko obeta pri zgodnjem odkrivanju raka, odkrivanju mesta primarnega tumorja in optimizaciji zdravljenja. Hipoteze Z bioinformatsko analizo in metodami strojnega učenja lahko določimo genetske označevalce in njihove specifične vzorce v primarnih in metastatskih tumorjih jeter Določimo lahko po meri pripravljen panel genetskih označevalcev, ki bo razlikoval med pogostimi malignimi jetrnimi tumorji in določil njihov izvor Metode Naš projekt predlaga uporabo bioinformacijske integracije genomskih, transkriptomskih in proteomskih podatkov pogostih malignih primarnih in metastatskih tumorjev jeter za določevanje diagnoze in lokacije primarnega tumorja, ki sta nujna za optimalno terapijo. Z bioinformatskimi orodji bomo analizirali razpoložljive genomske podatke približno 2.000 vzorcev različnih lokacij primarnih tumorjev, ki jih bomo uporabili pri nadaljnjih metodah strojnega učenja. Ta pristop nam bo pomagal odkriti specifične genomske vzorce vsakega primarnega tumorja in nam pomagal prepoznati specifične genomske označevalce, na poglagi katerih bo oblikovan panel označevalcev izdelan po meri. Za klinično potrditev panela označevalcev bodo uporabljeni vzorci tkiva in krvi bolnikov s primarnim in metastatskim tumorjem jeter. Za zaznavanje izbranih označevalcev se bo uporabilo sekvenciranje naslednje generacije, pirosekvenciranje in/ali digitalni PCR. Cilji Iskanje genomskih in transkriptomskih označevalcev, značilnih za primarni tumor, z lastno obsežno bioinformacijsko analizo Ugotoviti genetske vzorce za določen primarni tumor s pomočjo vrhunskih metod strojnega učenja Oblikovanje panela označevalcev, namenjenih razlikovanju med različnimi primarnimi in metastatskimi tumorji jeter Testiranje panela označevalcev na vzorcih tkiva in vzorcih tekočinskih biopsij