Odkrivanje dinamike omrežja v interakciji krompirjev virus Y-rastlinska celica

Krompirjev virus Y je rastlinski virus, ki povzroča največje ekonomske izgube, saj negativno vpliva na pridelavo krompirja po vsem svetu. Da izpolni svoj infekcijski cikel, ki vključuje vstop v gostiteljsko celico, translacijo, replikacijo, prehajanje med celicami in enkapsidacijo, PVY ugrabi molekularne mehanizme okužene gostiteljske celice. Vsak korak vključuje številne virusne faktorje (nukleinsko kislino in/ali proteine) ter rastlinske proteine, ki prispevajo k razvoju optimalne virusne okužbe. Tako se tekom infekcijskega cikla vzpostavi kompleksno interakcijsko omrežje, ki je dinamično v času in prostoru ter vključuje tako virusne kot rastlinske komponente. Za študij dinamične narave interakcij potrebujemo inovativne in interdisciplinarne pristope, zato bomo v projektu združili strukturne analize ter in planta funkcijske študije na osnovi testov ''pull-down'' in mikroskopije v realnem času. Z naštetimi metodami bomo raziskali interakcijsko omrežje virusnih in gostiteljskih komponent vključenih v različnih stopnjah okužbe s PVY. Pridobljene podatke - novoodkrite molekulske interakcije in kinetične ter strukturne podatke, bomo vnesli v model rastlinske obrambne signalizacije. Predlagani projekt bo prispeval preboj v razumevanju proteinskih interakcij, ki se vzpostavijo med okužbo s PVY. To nam bo omogočilo pojasniti mehanizem delovanja virusa PVY, na podlagi katerega se lahko razvijejo nove strategije obvladovanja virusnih okužb in določijo potencialne tarče za žlahtnjenje poljščin. Poleg tega bo projekt prispeval nova raziskovalna orodja namenjena spremljanju sprememb v interaktomu tudi pri drugih patosistemih. S strokovnimi znanji na področjih interakcije virusa PVY z rastlinami in proteinskih struktur bodo k uspešni izvedbi projekta prispevali vsi partnerji v projektu - Nacionalni inštitut za biologijo, Nacionalni inštitut za kemijo in Biotehniška Fakulteta Univerze v Ljubljani.